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蛋白凝膠可以長(zhǎng)期保存而不影響質(zhì)譜鑒定效果，一般而言，如果在一兩個(gè)星期以內(nèi)，最好用保鮮膜包好，放到4度冰箱保存，如果保存時(shí)間超過(guò)一個(gè)月，可以把蛋白點(diǎn)取下后放入-20度或者-80度冰箱，不會(huì)影響后續(xù)質(zhì)譜鑒定?效果。運(yùn)送膠點(diǎn)的時(shí)候采用常溫運(yùn)送即可，三五天內(nèi)都不會(huì)有太大的影響。

取點(diǎn)的時(shí)候?qū)?.2ml的槍頭前端剪去一點(diǎn)，用槍頭將凝膠戳取下來(lái)并轉(zhuǎn)移至0.5ml離心管中，用水將膠粒反復(fù)吸打沖洗兩至三次，最后吸干離心管中所有水分封蓋保存并做好標(biāo)記。離心管最好用進(jìn)口離心管，以免塑料污染；水最好用去離子水或者雙蒸水；取點(diǎn)的時(shí)候帶好口罩與手套，以免角蛋白污染。

iTRAQ是一級(jí)質(zhì)譜定性，二級(jí)質(zhì)譜定量，實(shí)際操作中，一級(jí)質(zhì)譜中m/z相近的一些母離子，而不是嚴(yán)格的同一m/z的母離子，被篩選進(jìn)入質(zhì)量分析器2進(jìn)行二級(jí)質(zhì)譜鑒定，定量的肽段與定性的肽段不是一一對(duì)應(yīng)的關(guān)系，故造成iTRAQ定量誤差大。然而，SILAC是一級(jí)質(zhì)譜定量，二級(jí)質(zhì)譜定性，定量的肽段就是對(duì)應(yīng)的定性的肽段，定量更加精確。